Ūdens struktūrdirektīvai un Biotopu direktīvai ir vienots mērķis – panākt labu kvalitāti saldūdens ekosistēmās, veicot to kvalitātes vērtēšanu, aizsardzību un pareizu apsaimniekošanu. Taču abām direktīvām ir atšķirīgas pieejas, kas uzrāda arī atšķirīgu kvalitātes novērtējumu.
Īstenojot direktīvu harmonizāciju jeb vienkāršāk – monitoringa sistēmas pilnveidošanu, kā to iesaka gan Eiropas Komisija, gan Prioriāto rīcību programma, ir vairāki ieguvumi – efektīvāka resursu pārvaldība un dažādu sektoru integrācija, samazinot kopējās valsts monitoringa izmaksas, uzlabota iegūto datu kvalitāte, tiek iegūti savstarpēji salīdzināmi dati ziņojumu vajadzībām un tiek saskaņoti nepieciešamie apsaimniekošanas pasākumi.
