Dabas parka “Salacas ieleja” galvenās dabas aizsardzības vērtības ir pati Salacas upe un to ietverošais biotopu komplekss, kas iekļauj vairākus ES Biotopu direktīvas biotopus – smilšakmens atsegumus, netraucētas alas, nogāžu mežus, avoksnājus, upju straujteces u.c. Teritorijai ir izcila ainaviskā vērtība daudzos upes posmos, īpaši pie Mazsalacas Skaņākalna apkārtnē, lejpus Staiceles, Mērnieku krāces un Sarkanās klintis.
Iepriekšējais dabas aizsardzības plāns tika izstrādāts 2005. gadā un pagarināts līdz 2019.gadam, kurā Salacas upe bija sadalīta četros posmos, katram no tiem izstrādājot savu plānu. Tā kā dabas parkam šobrīd nav spēkā esoša dabas aizsardzības plāna, ir apgrūtinoši plānot teritorijas apsaimniekošanas pasākumus, kā arī piesaistīt finansējumu to īstenošanai.
